，福建省晋江县人，为郑芝龙组「十八芝」海上武装商团成员之一。
洪旭起初为明总兵官郑芝龙的部将，顺治二年（1645年）由隆武帝朱聿键晋封为忠振伯。
顺治三年（1646年）郑芝龙降清后，归依郑成功，举义抗清。顺治十一年（1655年）郑成功承制设六官，以洪旭为户官，旋改任水师右军、水师总督，会中提督甘辉取舟山。
顺治十五年（1658年）郑成功北伐，以洪旭兼理兵官，同黄廷、郑泰一起留守金厦。顺治十七年（1660年）清军攻打厦门，郑成功与洪旭大破清军。
顺治十八年（1661年）郑成功率军东征台湾，命洪旭辅佐世子郑经留守思明。康熙元年（1662年）五月郑成功逝世后洪旭请郑经率兵渡台靖难。
在东渡台湾之后，洪旭建议郑经设置军队驻守澎湖，并且训练军队，加强台湾防卫。并且派遣商船到达日本和东南亚地区通商。康熙五年（1666年）八月，洪旭因为忧劳过度染寒疾逝世。
这都是他郑芝龙手下的大将，都被他派了出去。