明已经迁都百余年了，历代皇帝，除了武宗之外，从未回过南京，南京现在是个什么样子，谁都不清楚，虽然嘉靖一直在加强对东南的控制，不管是派朱希孝去，还是恢复太祖功臣的爵位，都是想分化南京城内的各方势力，但是一旦朱载坖到了南京之后，会发生什么，那就很难说了。
不过对于朱载坖说的倭寇可能袭扰南京一事，嘉靖还是比较重视的，因为朱载坖已经不止一次说过此事了，嘉靖相信，朱载坖绝对不会张嘴乱说的，如果真的不幸被朱载坖言中，那对于大明和嘉靖本人来说，都是一个沉重的打击。
南京乃是大明留都所在，太祖陵寝重地，万万不容有失，加强南京和周边的防务，在嘉靖看来，并没有什么错的。